Ｎ的城堡
神奥地区的事件发生三年后，等离子队的首领魁奇思将收养的婴儿Ｎ推上了王座，并希望利用等离子队与合众地区的建国传说，利用莱希拉姆和捷克罗姆创造新的世界，此时正是斗也/斗子与儿时玩伴白露、黑连为了帮助红豆杉博士完成宝可梦图鉴开始旅行之时，期间斗也/斗子遇到了等离子队的王N，并得知等离子队的雄心壮志，但最终发现这只是魁奇思的阴谋，在众人的努力下，斗也/斗子成为了传说中的理想的追求者B或者真实的追求者W，驾驭捷克罗姆W或莱希拉姆B化解了危机，挫败了魁奇思的阴谋，成为了当地的英雄，N也开始重新思考自己的信念，并最终决定去追求属于自己的未来。
在合众地区的事件发生后2年期间，等离子队开始分裂，魁奇思带领新等离子队开始实施合众地区冻结计划,斗也/斗子离开合众去寻找N，白露成为红豆杉博士的助手，黑连接替芦荟成为桧扇道馆的道馆馆主。
2年后，新一代的训练家共平/小鸣开始帮助红豆杉博士完成宝可梦图鉴，修为了救回妹妹的扒手猫，孤身一人前去挑战等离子队，在旅行过程中共平/小鸣遇到了利用酋雷姆希望冻结合众地区的魁奇思，N出现帮助了主角，但莱希拉姆W2/捷克罗姆B2被酋雷姆融合，在合众地区众人的努力下，再一次挫败魁奇思，合众地区恢复和平。
在超级进化宇宙中，在合众地区的新危机解决后，卡洛斯地区的卡勒姆和莎莉娜与多罗巴、瑅耶鲁诺、莎娜从朝香镇启程，期间卡洛斯地区的科技组织闪焰队的计划败露，首领弗拉达利启动了3000年前毁灭卡洛斯地区的最终兵器，在卡勒姆/莎莉娜的努力下，最终兵器没有发射，卡洛斯地区的危机化解，ＡＺ也得到了他的宝可梦的原谅。
在菲蕾地区事件结束后数年，阿尔米亚地区新一任保育家创一和仁美毕业，展开了与暗暗队对峙，保护阿尔米亚的旅程。
阿尔米亚地区事件结束后数年，奥卜利比亚地区的新保育家夏也和南美开始了邂逅传说中宝可梦的旅行。
在超级进化宇宙中，卡洛斯地区的事件结束两年后
格拉吉欧不忍母亲的研究带着属性：空离开以太乐园，之后成为骷髅队雇用的保镖。
吉娜和德克希欧被布拉塔诺博士派往阿罗拉地区调查基格尔德。
越橘来到阿罗拉地区度假。
阿克罗玛来到阿罗拉地区继续自己的研究。
赤红和青绿被邀请到阿罗拉地区担任对战树的首领。
莉莉艾带着科斯莫古逃离以太乐园，后被芭内特博士在海滩边发现，之后寄宿在库库伊博士家并担任他的助手。
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