崇祯四年夏四月，李师道讨灭登莱，碎东海巢穴，屠三万人。耿仲明渡海逃亡，李九成藏匿民间，李师道发锦衣卫大索十日，于莱阳生擒，斩之。
五月初三，李师道在烟北击溃了毛承栋最后拼凑起来的一万多人。听说匪帅到来，全城震怖，有妇女抱子哭于道，请匪帅网开一面。李师道无奈，领兵退出，朱大典率部入驻。李师道下营城外，部队纪律森严，秋毫无犯，东海顿时安定。
被朱大典安抚的毛承栋情知必死，率众逃脱，带着家眷南逃。朱大典说明此事后，李师道立即命令李怀宝和锦衣卫校尉楚心索拿，终于在青岛追及。远远望见追兵，毛承栋的数十旧部一哄而散，毛承栋自知犯了杀九族大罪，杀死全家后跳海自杀。楚心使渔民下海打捞，枭其首级后返回。
自正月兴兵，历时五个月，齐国终于乱平。
李师道将重犯装入囚车送往北京后，在朱大典和书记官杨廷麟的帮助下当起了父母官。跟随耿仲明叛乱的登莱辽人，高过车轮的男人全部杀死，女人一概卖作娼妓，其他鳏寡孤独老弱孺病，李师道都大度的不予追究。登莱诸官，除了州县衙役，其他官吏全部逮捕，押送京师移交三法司。
随后查封府库，维持治安，统计户口，搜捕白莲教，杀了乘乱抢劫的无赖子以及溃兵数百人，又派率人赶往炮台暂主军事防务，整个东海不到半个月就安定了下来。
朝廷也是一片欢腾，新皇登基以来，江山日荒月乱，官吏暮气渐生，还有什么比这个更鼓舞人心的？辽镇历来号称强兵，又火器发达，却被朝廷迅速消灭，这说明了什么？泰昌以来数次讨伐贼臣失败的阴影似乎一扫而空，朝野自信心空前高涨。
讨灭登莱的意义在于，它体现了朝廷有力的组织领导，显示了官军强大的战斗力，给予了野心家沉重一击。当然，是心理上的。
登莱的捷报到了朝廷没多久，敕封李师道的诏书就下达了，进李师道从四品宣武将军，拜锦衣卫百户，授五军都督府虎贲军指挥使，不过都是没有实权的荣誉官职。
值得一提的是，圣人钦赐了一把秋水剑，打赏了一千两白银，发了四品官员朝服、祭服、公服、常服、赐服五类麒麟袍正装各两套，三顶乌纱帽，一双皂靴，三件马面裙，两个桂香囊。
另外还赏了三百册书，分别是史记、通典、资治、大诰、朱熹章句、礼记、孟子、八股例注、王阳明全集等明朝官员必读，圣人在诏书中还专门说了，让李师道认真准备科举，争取明年考个进士。当然，考虑到李师道的文化水平，圣人的建议是考武进士，文举人路径就算了。
不得不说，朱由检这骚操作……
钱，我没有，衣裳书籍倒是多得很，你拿去抵债吧。李师道依稀记得，历史上朱聿健袭唐王爵位的时候，按例皇帝得打赏，朱由检没钱，于是就让温体仁准备了三百车各类书籍，给老表送到了南阳。—老弟，听哥一句劝，钱这东西害人，你把握不住，好好读书吧！
不过李师道也很能理解朱由检。
咱这位圣人，花钱以十为单位，上了一千两的支出，他是要亲自过问的。把申请人叫到宫里，仔细询问，如果合理，才会拨款。历史上崇祯十七年，李自成进京之前，朱由检诏藩臣勤王，山东总兵刘泽清不想来，谎称坠马。朱由检闻讯，给了五十两医药费，派宦官送到济南，让刘泽清买点好吃的，补补身体。结果刘泽清还是不来，朱由检很是恼怒：“朕还请你吃过饭呢！”
王承胤镇守保定，上表说正在整军，什么时候出发说不定，朱由检咬牙，给了三千两。结果周遇吉前脚战死宁武关，王承胤和大同总兵姜镶后脚就降了李自成。吴三桂则表示：“圣君莫慌，臣已经集结了十万大军，马上就走。只是，这开拔费……”
朱由检：“你要多少？”
吴三桂轻飘飘：“不多，按惯例，一个兵十两，总共一百万，陛下赶紧打钱！”
朱由检大惊：“你干脆把朕卖了得了！”
还有内阁首辅李建泰，见圣人茶饭不思，于是提出回乡募兵，朱由检高兴坏了，感动之下，亲率文武百官前往正阳门送行，君臣把手漫步，相顾流泪。朱由检安慰李建泰莫哭，安心回家募兵，并变卖家产凑了四万两银子，拿给李建泰作为经费。
不想，李大学士回家后，老百姓听说是大明首辅，直接城门一关不让进，任凭李建泰舌绽莲花也无用，李大学士没办法，便询问流民怎么才能进城？老百姓说：“官军不行，闯贼才能进哩。”
……
当然，雷霆雨露，俱是天恩。
圣人大气打赏这多财货，李师道自然上谢表，最后就是兵马了。
齐国乱平后，李师道在山东境内挑选了六千名家人子，算上本有的九千凉州兵、八百固原兵、七千临洮兵、四千洛阳兵、六千南阳兵、三千银枪效节、三千黑烟长剑、一千亲军营、一千骡骑军、四百火枪队、三百斥候营，以及火头军、营妓、工匠、包衣、角手、旗牌官之类的杂兵，现在李师道部下人马高达四万七，战兵更是足足有两万，不过精锐还是不多。
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